營養學家、采購員、飼料加工廠經理必須認識和處理在配方中添加新原料面臨的挑戰。這可能包括以下方面：

　　(1)增加成本分析建立新原料的矩陣算法概況;

　　(2)增加原料到達飼料加工廠的時間及將原料搬運至原料倉所需時間;

　　(3)減慢新原料的秤重/配料時間，因為新原料必須在磅秤上秤重，如果新原料流行性較差時將更加復雜，可能會造成結塊;

　　(4)降低主要原料的庫存量，可降低換用另一種非**成本配方時的儲運損耗;

　　(5)添加DDGS或低磷含量飼料時，降低制粒機的生產力;

　　(6)為了便于飼喂管理和降低飼料浪費，調整制粒質量;

　　(7)采用容積式給料器飼喂母豬時，應降低飼料密度;

　　(8)飼料適口性的改變，由于動物需對新飼料的味道和質地進行適應，故可導致短期內動物采食量的下降。

　　飼料加工廠在采購原料之前如果存在前面所闡述的這些不足和局限，將限制原料傳送等待時間、滯留、配方更改及降低動物的生長性能。采購新原料或替換原料之前，飼料加工廠經理、質量保證實驗室、生產單位之間作好溝通，可幫助降低改變原料的隱性成本。營養學家、采購員、飼料加工廠應該共同制定一個原料采購策略，且對飼料加工和動物生長性能不造成負面影響。

　　生長條件、干燥、加工、儲存方法均可影響谷粒及其它原料的營養素含量。用可替換的原料和副產品取代谷物原料，可降低成本;但增加了成品飼料中營養素的變異。由于生長條件或原料供應地不同導致的原料變異，可由供應商和副產品加工廠不同的加工方法進一步擴大。故在計算最小成本的原料矩陣值時，需將供應商和加工廠的變異考慮進去。Batal等(2006)報道，來自美國中西部6個酒精加工廠的17個DDGS樣品的營養成分存在顯著差異，具體見下表1，這種差異表明不同副產品加工廠間的確存在不同。

　　原料油脂含量受其提取物的來源影響。除了注意能量含量外，養豬生產者還需注意油脂的碘值，因為其會影響豬腹脂質量。

　　除了考慮生長條件及加工方法的不同，在制定原料的矩陣值和質量標準時，還需考慮分析方法。由美國飼料工業協會(AFIA)、美國再生能源協會(RFA)、國家玉米種植戶協會(NCGA)聯合開展的對相同DDGS的比較分析實驗表明，不同分析方法可導致相同樣品出現不同的水分、油脂含量報道值。

　　糧倉、農場儲存倉里存放的谷粒其水分可能發生變化，玉米水分下降1.5%可增加消化能55kcal/kg，可顯著影響飼料成品的成本和動物的生長性能。最小成本配方軟件中原料矩陣營養價值的開發，必須建立在原料接收處理之前和之中收集的樣品的基礎之上。樣品加工是決定原料營養素含量及使用至配方計算中的數值的關鍵一步。不合理的抽樣方法所產生的錯誤會影響飼料素素成分及飼料效率。